1998年
1月1日，合作市正式挂牌成立，市党政机关各项工作全面开始运行。挂牌仪式上，州委书记杨镇刚代表州四大班子及全州人民作了重要讲话。
2月10日，省委办、省政府办行文给州委、州政府，《合作市党政机构设置方案》在省编委办审核后已经省委、省政府批准。
3月7日至10日，合作市召开了全市工作会议。会上传达了全省经济工作会议和全州工作会议精神，安排部署了1998年全市各项工作。确定了1998年全市国民经济与社会发展的奋斗目标。
4月9日，州委秘书处、州政府办公室转发《合作市党政机构设置方案》，合作市党政机构共设29个，其中市委设5个，市政府设24个。
8月17日，省委副书记、代理省长宋照肃、副省长洛桑灵智多杰、省政府办公厅秘书长郝洪涛一行在州四大班子主要领导陪同下，到合作市视察指导工作。
8月27日，《合作市暂住人口管理暂行规定》印发实施，该规定(共27条)是为了加强对城市暂住人口的管理，维护社会治安秩序，保障暂住人口的合法权益，结合市情而制定的。
10月20日，合作市卡加道乡土房村举行公路修通典礼剪彩仪式。
1999年
1月7日至8日，合作市第一届人民代表大会在合作市小学礼堂召开。参加会议的人民代表共42名。会议圆满完成了各项议程，以无记名投票的方式选举产生了合作市新的一届领导班子。
4月，州委将合作市列为全州县级“三讲”教育试点单位。州委“三讲”教育领导小组在合作市召开了“三讲”教育工作动员大会，之后，合作市成立了“三讲”教育领导小组，并制定出台了《合作市“三讲”教育工作方案》，设立了“三讲”教育领导小组办公室。
6月18日，合作市东一路举行道路拓宽仪式，州人大常委会副主任洪海天、州政协副主席赵振国以及州法院、检察院、计委、建委、交通局和合作市委、市政府等有关单位的负责人参加了拓宽仪式。
是月，合作市被列入国家生态环境综合治理工程重点县市，该项目总投资1650万元，分3年实施，于2001年竣工验收。
7月27日，为了迎接建国50周年和迎澳门回归，合作市成功举办了为期3天的首届太子山登山暨民族体育运动会。
9月4日，为了庆祝建国50周年、喜庆澳门回归和迎接州第九次党代会的胜利召开，合作市在盘旋路和街心花园之间举行大型锅庄舞及服饰表演，下午，大型锅庄舞和服饰表演再次在当周沟进行了表演，晚上，各代表队的演员和群众举办了篝火晚会。
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